通过使用微流体数字PCR检测单个环境细菌的病毒
Arbel D Tadmor1, Elizabeth A Ottesen, Jared R Leadbetter
1Department of Biochemistry and Molecular Biophysics, California Institute of Technology, Pasadena, CA 91125, USA. arbel@caltech.edu
Science (New York, N.Y.)
|July 2, 2011
概括
研究人员使用微流体数字聚合酶链反应 (PCR) 将单个细菌细胞与病毒标记基因联系起来. 这揭示了白肠微生物中的特定病毒宿主相互作用,显示了密切相关的细菌之间有限的基因转移.
科学领域:
- 微生物学 微生物学
- 病毒学 病毒学
- 基因组学就是基因组学.
背景情况:
- 病毒很丰富,但它们的宿主在很大程度上是未知的.
- 超基因组和隔离技术在识别病毒与宿主关系方面存在局限性.
- 了解病毒-细菌相互作用对于微生物生态学至关重要.
研究的目的:
- 开发一种将单个微生物细胞与病毒遗传物质联系起来的方法.
- 在自然微生物群体中研究病毒宿主特异性.
- 评估附近细菌宿主之间病毒基因转移的程度.
主要方法:
- 利用微流体数字聚合酶链反应 (PCR) 来物理关联单个细菌细胞与病毒标记基因.
- 将该技术应用于白后肠的微生物群体.
- 分析了病毒标志物等位体多样性,以推断基因转移模式.
主要成果:
- 鉴定了具有高 intragenus 选择性的全属病毒感染模式.
- 在细菌宿主之间观察到病毒标记基因的有限混合.
- 尽管靠近宿主,但病毒等位基因的横向基因转移有限.
结论:
- 微流体数字PCR方法有效地将病毒与其宿主连接起来,无需培养.
- 长肠中的病毒-细菌相互作用表现出显著的宿主特异性.
- 病毒标记物的侧向基因转移即使在密切相关的共存细菌中也是有限的.
