DNase I 敏感度 QTL 是人类表达变化的主要决定因素
Jacob F Degner1, Athma A Pai, Roger Pique-Regi
1Department of Human Genetics, University of Chicago, Chicago, Illinois 60637, USA.
Nature
|February 7, 2012
概括
改变色素可访问性和转录因子结合性的遗传变异是基因表达差异的关键驱动因素. 这些DNA可访问性定量特征位点 (dsQTLs) 非常丰富,并影响人类特征.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 分子生物学分子生物学
- 人类遗传学 人类遗传学
背景情况:
- 表达量的特征位点 (eQTLs) 将遗传变异与基因调节联系起来.
- 鉴定eQTLs的因果变异和监管机制仍然具有挑战性.
研究的目的:
- 研究染色体可访问性和转录因子结合在遗传变异和基因表达中的作用.
- 识别和描述DNA可访问性定量特征位点 (dsQTLs).
主要方法:
- 利用DNase I测序 (DNase-seq) 在70个约鲁巴淋巴细胞类细胞系中绘制基因组范围的染色质可访问性.
- 与基因型数据相关的DNase-seq读取深度,以识别dSQTLs.
- 分析了dsQTLs在转录因子结合位点中的丰富性,以及与等位基因特异性结合的关联.
主要成果:
- 鉴定了8,902个dsQTLs,这些变异与染色质可访问性显著相关联的基因型.
- 发现dsQTLs在转录因子结合部位中富含,并与异位基因特异性结合相关.
- 估计有55%的eQTL也是dsQTL,这凸显了染色质可访问性在基因调节中的重要性.
结论:
- 修改染色体可访问性的遗传变异是人类基因表达变异的主要机制.
- dsQTLs是丰富的,并且对表型变异有显著的贡献.
- 染色体可访问性为了解遗传变异及其功能后果提供了关键层次的理解.
