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在Eco RI内核酶-DNA相互作用中的特异性的能量基础
D R Lesser1, M R Kurpiewski, L Jen-Jacobson
1Department of Biological Sciences, University of Pittsburgh, PA 15260.
Science (New York, N.Y.)
|November 9, 1990
概括
环保RI内核酶通过直接和间接的读取机制来区分DNA序列. 轻微的DNA变化是可以容忍的,但错误的基对会导致显著的能量惩罚,确保高保真度.
科学领域:
- 分子生物学分子生物学
- 生物化学 生物化学
- 结构生物学 结构生物学
背景情况:
- DNA-蛋白相互作用对于细胞过程至关重要.
- 序列选择性对于保持基因组完整性至关重要.
- 环保RI内核酶是研究DNA识别的模型系统.
研究的目的:
- 为了分析Eco RI内核酶的序列选择性.
- 量化与DNA序列变异相关的能量成本.
- 阐明由Eco RI进行DNA歧视的基础机制.
主要方法:
- 系统地改变Eco RI识别站点 (GAATTC).
- 测量野生类型和改变的DNA站点之间的歧视.
- 计算基础替代的过渡状态相互作用能量.
主要成果:
- 基质模拟替代物保存DNA构造成本为+1到+2kcal/mol.
- 引入不正确的天然基对会产生很高的能量成本 (+6到+13 kcal/mol).
- 歧视涉及直接读取 (蛋白质-基接触) 和间接读取 (蛋白质-酸盐接触和DNA构成).
结论:
- 环保RI内核酶采用多方面的战略,用于高保真度的DNA序列识别.
- 直接和间接的读取机制都在协同促进严格的歧视.
- 了解这些机制,可以深入了解DNA-蛋白相互作用和酶特异性.