DNA扭曲刚性的依赖性与基质组成的关系

科学领域:

• 分子生物学分子生物学
• 生物物理学的生物物理.
• 遗传学 是一个遗传学.

背景情况:

• 大肠杆菌菌体434抑制剂将DNA作为二分体与运算子序列结合.
• 抑制剂结合亲和力对操作中心的序列变化敏感,富含AT的部位比富含GC的部位结合更强.
• 一个拟议的模型表明,DNA依赖序列的扭曲变形影响抑制剂结合亲和力.

研究的目的:

• 通过实验确定不同基组成的DNA序列的扭矩常数.
• 评估DNA扭曲常数的序列依赖差异是否可以解释菌体434抑制剂结合亲和力的观察到的变化.

主要方法:

• 测量DNA扭曲常数,以测量具有多种基组成的序列.
• 测量的扭矩常数与现有压缩机-操作器相互作用模型所要求的值的比较.

主要成果:

• DNA扭曲常数仅略有依赖总体基质组成.
• 测量到的扭矩常数属于一个狭窄的范围,不管基础成分如何.
• 测量的扭矩常数太小,无法解释不同操作序列观察到的压缩机结合亲和度的显著变化.

结论:

• 简单的模型依赖于AT丰富和GC丰富的序列之间的DNA扭转常数的通用差异不太可能解释菌体434抑制剂结合亲和力变化.
• 虽然一般的序列组合对扭矩的影响很小,但不能完全排除具有异常扭矩常数的特定序列的可能性.