在四足动物中 lncRNA 列表和表达模式的演变
Anamaria Necsulea1, Magali Soumillon1, Maria Warnefors2
11] Center for Integrative Genomics, University of Lausanne, 1015 Lausanne, Switzerland [2] Swiss Institute of Bioinformatics, 1015 Lausanne, Switzerland [3] Laboratory of Developmental Genomics, Ecole Polytechnique Fédérale de Lausanne (EPFL), 1015 Lausanne, Switzerland (A.N.); Harvard Department of Stem Cell and Regenerative Biology, Harvard University, Cambridge, Massachusetts 02138, USA, and Broad Institute, Cambridge, Massachusetts 02142, USA (M.S.).
这项研究揭示了四足动物中长非编码RNA (lncRNA) 的进化历史. 古代的lncRNAs对于胚胎发育和保存功能,如精子生成至关重要.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 进化生物学 进化生物学
- 非编码RNA研究研究
背景情况:
- 长非编码RNAs (lncRNAs) 是一个庞大的,研究不足的分子类.
- 了解lncRNA进化是解读它们功能的关键.
- 在许多物种中,由于缺乏lncRNA注释,对比分析受到限制.
研究的目的:
- 对 lncRNA 剧目和表达模式进行大规模的进化分析.
- 在11个四足动物物种中识别保存和特定物种的lncRNAs.
- 根据它们的进化历史,推断lncRNAs的功能作用.
主要方法:
- 进行比较基因组学以跨物种识别 lncRNA 基因.
- RNA测序分析 lncRNA表达模式.
- 遗传学分析以确定lncRNAs的进化起源.
- 共同表达网络的构建以推断功能关联.
主要成果:
- 鉴定了约11000种灵长类特异性和约2500种高度保存的lncRNAs.
- 发现约400个lncRNA基因,可能起源于3亿多年前.
- 证据表明lncRNAs,特别是古老的,是积极调节的,对胚胎发育很重要.
- 观察了快速序列和表达演变,但对大多数 lncRNAs 保持了组织特异性.
- 保存的共同表达网络的重建表明它在精子生成,突触传播和胎盘发育中的作用.
结论:
- lncRNAs表现出多样化的进化轨迹,古老的血统扮演着基本的角色.
- 保存的lncRNA表达模式突显了它们在核心生物过程中的重要性.
- lncRNAs有助于复杂的机制,如用于胎盘发育的微RNA生产.
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