在胚胎干细胞中增强细胞组合的单分子动力学
Jiji Chen1, Zhengjian Zhang2, Li Li2
1Transcription Imaging Consortium, Janelia Farm Research Campus, Howard Hughes Medical Institute, 19700 Helix Drive, Ashburn, VA 20147, USA.
Cell
|March 18, 2014
概括
多能调节器Sox2和Oct4通过扩散和滑动动态搜索DNA. 它们对目标DNA的层次结合对于胚胎干细胞基因调节至关重要.
科学领域:
- 分子生物学分子生物学
- 发育生物学 发展生物学
- 遗传学 是一个遗传学.
背景情况:
- 增强剂结合的多能性调节剂,Sox2和Oct4,对于胚胎干细胞 (ES) 基因调节至关重要.
- 了解转录因子 (TF) 动态是解读基因和发育调节的关键.
研究的目的:
- 研究Sox2和Oct4在它们的DNA目标部位上的动态搜索和组装机制.
- 阐明TF动态和表观遗传学影响在基因调节中的作用.
主要方法:
- 在体内和体外单分子成像.
- 转录因子 (TF) 突变发生.
- 染色体免疫沉,其次是外核酶消化 (ChIP-exo) 映射.
主要成果:
- 增强基因组组装是层次的,Sox2首先结合,其次是Oct4.
- Sox2/Oct4使用试错搜索,涉及3D扩散和1D沿着DNA滑动.
- 特定的目标DNA结合包括在众多扩散和碰撞事件后停留12.0-14.6秒.
结论:
- Sox2和Oct4采用了不同的,但协调的搜索策略来参与目标DNA.
- TF动态和表观基因组背景显著影响ES细胞中的基因调节.
- 研究结果提供了对基因和发育调节的基本见解.
