在活体中对Drosophila发育增强剂的基因组规模功能表征
Evgeny Z Kvon1, Tomas Kazmar2, Gerald Stampfel3
11] Research Institute of Molecular Pathology (IMP), Vienna Biocenter VBC, Dr Bohr-Gasse 7, 1030 Vienna, Austria [2] Howard Hughes Medical Institute, Janelia Farm Research Campus, Ashburn, Virginia 20147, USA (B.J.D.); Genomics Division, Lawrence Berkeley National Laboratory, Berkeley, California 94720, USA (E.Z.K.).
Nature
|June 5, 2014
概括
研究人员在果胚胎中绘制了数千种转录增强剂的地图,揭示了它们在发育过程中的广泛活动和动态模式. 大多数增强剂调节附近的基因,这表明调节基因组的局部组织.
科学领域:
- 发育生物学 发展生物学
- 基因组学就是基因组学.
- 分子生物学分子生物学
背景情况:
- 转录增强剂是基因表达和动物发育的关键调节剂.
- 了解增强器基因组组织,活动和序列是生物学的一个主要目标.
研究的目的:
- 为了描述成千上万的Drosophila melanogaster增强剂候选者的体内活性.
- 研究胚胎发生过程中增强剂活性的空间和时间动态.
- 为了识别可预测增强器功能的序列图案.
主要方法:
- 在体内对Drosophila胚胎发生过程中的7,705个增强剂候选物的表征.
- 计算机识别和实验验证的cis-regulatory动机.
- 用受控词汇对增强器模式进行手动注释.
主要成果:
- 46%的被测试候选者 (3,557) 是活跃的,这表明发育增强剂的全基因组密度很高.
- 大多数增强剂表现出动态空间模式和调节邻近的基因,表明局部的cis-regulatory组织.
- 12-21%的增强剂调节了远端基因,绕过未表达的邻居.
结论:
- 该研究提供了对动物调控基因组组织和增强序列属性的全球洞察.
- 结果证实和概括了关于增强器功能和调节的先前原则.
- 有一个网页界面可用于访问所有增强器数据和原始图像.
