一个基于阐明独特的气相聚碎裂机制的聚蛋白蛋白质组学策略
Rob C Oslund1, Jung-Min Kee, Anthony D Couvillon
1Department of Chemistry, Princeton University , Princeton, New Jersey 08544, United States.
Journal of the American Chemical Society
|August 27, 2014
概括
研究人员开发了新方法来检测氏胺 (pHis),一个关键的蛋白质修饰. 这一进步使pHis蛋白质的全球蛋白质组分析成为可能,揭示了细菌中的新酸化部位.
科学领域:
- 蛋白质组学是指蛋白质组学.
- 翻译后修改 翻译后修改
- 生物化学 生物化学
背景情况:
- 蛋白质歇斯蒂丁化 (pHis) 是细胞代谢和信号传递中的一个重要的翻译后修饰 (PTM).
- 由于丰富和识别这种不稳定修饰的工具有限,检测pHis具有挑战性.
研究的目的:
- 开发和应用新的方法,用于氏胺 (pHis) 的全球蛋白质组分析.
- 为了克服检测和识别复杂生物样本中不稳定的pHis变化的局限性.
主要方法:
- 选择性免疫丰富pHis与生物信息战略相结合,分析LC-MS/MS期间的气相碎片化.
- 开发一种软件工具,以基于在碰撞诱导解离 (CID) 过程中观察到的特征性中性损失模式 (98,80,116 Da) 来识别pHis.
- 应用工作流来分析糖醇养和曼尼托尔养的大肠杆菌细胞中的pHis蛋白.
主要成果:
- pHis的碰撞诱导解离 (CID) 产生了特有的中性损失,其中98%的Da损失是由气相转移解释的.
- 开发的软件成功地确定了已知和以前投机的pHis位点,主要是在基酸:糖转移酶系统 (PTS) 中.
- 在大肠杆菌中的化醇脱酶 (AdhE) 和酸盐激酶 (PykF) 上确定了两个新的pHis位点.
结论:
- 本研究介绍了pHis蛋白质的第一个全球蛋白质组分析,为未来的研究建立了基础方法.
- 开发的技术和生物信息工具显著提升了检测和研究细菌和潜在的其他生物体中基胺酸化的能力.
- 鉴定新的pHis位点扩大了对涉及这一关键PTM的代谢调节和信号通路的理解.
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