RNA外基因组调节的长非编码RNA转录控制超强增强剂活动
Evangelos Pefanis1, Jiguang Wang2, Gerson Rothschild3
1Department of Microbiology and Immunology, College of Physicians and Surgeons, Columbia University, New York, NY 10032, USA; Regeneron Pharmaceuticals and Regeneron Genetics Center, Tarrytown, NY 10591, USA.
RNA外体机械降解了细胞RNA. 切除它揭示了新的长非编码RNAs (lncRNAs) 和增强RNAs (eRNAs) 调节基因表达并保持基因组稳定性.
科学领域:
- 分子生物学分子生物学
- 遗传学 是一个遗传学.
- 细胞生物学 细胞生物学
背景情况:
- RNA外基因组复合体对于细胞RNA处理和降解至关重要.
- 长非编码RNAs (lncRNAs) 和增强RNAs (eRNAs) 在基因调节中起着重要的作用.
- 功能障碍的RNA处理可能导致基因组不稳定.
研究的目的:
- 研究RNA外体在细胞RNA降解中的作用.
- 识别具有新兴功能的新型lncRNA和eRNA.
- 了解RNA外基因组切除对增强剂活性和基因组结构的影响.
主要方法:
- 有条件的突变发生来切除RNA外体的核心和核RNase组件 (Exosc3,Exosc10).
- 在分化B细胞和胚胎干细胞 (ESC) 中分析lncRNA和eRNA.
- 编辑CRISPR-Cas9基因以消灭lncRNA-CSR转录并评估其影响.
主要成果:
- RNA外基因组切除揭示了许多具有以前未知的功能的lncRNA和eRNA.
- 表达eRNA的区域积累了R循环结构,这表明RNA外体在活性增强剂的DNA/RNA杂交物中发挥了作用.
- 确定了一种特定的lncRNA (lncRNA-CSR),通过长距离染色体相互作用调节超强增强功能.
- 废除lncRNA-CSR降低了它与IgH 3'调节区域超增强剂的关联,从而降低了类切换重组的效率.
结论:
- 在活性增强剂中,RNA外基因组对于分解有害的DNA/RNA混合物至关重要.
- 它通过管理转录合的二次结构,在维持基因组稳定性方面发挥着至关重要的作用.
- RNA外体调节由lncRNAs介导的长距离染色体相互作用,影响免疫球蛋白类开关重组等关键细胞功能.
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