来自单细胞成像和自动化分析的酵母蛋白质组动力学
Yolanda T Chong1, Judice L Y Koh1, Helena Friesen1
1The Donnelly Centre, University of Toronto, Toronto, ON M5S3E1, Canada.
Cell
|June 6, 2015
概括
研究人员开发了一种系统方法来绘制酵母中的蛋白质丰富度和局部化,揭示了响应刺激的动态蛋白质组变化. 这些定量数据使进一步的生物学见解和预测成为可能.
科学领域:
- 细胞生物学 细胞生物学
- 蛋白质组学是指蛋白质组学.
- 系统生物学 系统生物学
背景情况:
- 蛋白质组学可以产生大规模的定量数据,但对蛋白质组分析的体内系统方法尚不发达.
- 了解蛋白质的丰富性和局部性对于破译细胞功能至关重要.
研究的目的:
- 开发和应用一种系统方法来评估蛋白质的丰富性和定位在活体中的蛋白质基因尺度上.
- 为了绘制酵母蛋白质组的局部,并在各种化学和遗传刺激下调查其动态.
主要方法:
- 利用了酵母GFP融合收集与自动化遗传学和高通量显微镜相结合.
- 开发了集体二进制分类器,用于单细胞本地化数据分析.
- 分析了超过2000万个细胞以确定动态蛋白质组变化.
主要成果:
- 在16个局部化类别中生成了大约3000种蛋白质的局部化地图.
- 鉴定了在多个局部之间重新分布的动态蛋白质,以响应氨酸素,拉巴素,以及rpd3Δ突变.
- 收集了定量,全蛋白质组的丰度和定位数据.
结论:
- 开发的管道为体内大规模蛋白质组分析提供了强大的方法.
- 定量数据有助于进行比较研究,单细胞分析,蛋白质行为的建模和预测.
- 揭示了蛋白质组对特定细胞干扰的动态反应.
