耐干燥草的单分子测序 Oropetium thomaeum
Robert VanBuren1, Doug Bryant1, Patrick P Edger2,3
1Donald Danforth Plant Science Center, St Louis, Missouri 63132, USA.
Nature
|November 13, 2015
概括
单分子实时测序使得Oropetium thomaeum的基因组几乎可以完成. 这一突破为植物比较基因组学提供了宝贵的资源,并展示了先进的基因组测序能力.
科学领域:
- 基因组学
- 植物生物学
- 生物信息学
背景情况:
- 细胞基因组是复杂的,通常是重复的,多重体的和异构的,使基因组组复杂化.
- 从当前平台进行短序读取会阻碍通过重复区域的组合,从而导致基因组的碎片化.
- 尽管基因组日益重要,但基本的重复性基因序列在基因组草案中经常缺失.
研究的目的:
- 进行全基因组测序和组装耐干燥的草 Oropetium thomaeum.
- 证明单分子实时测序 (SMRT) 对高质量的真核生物基因组组件的实用性.
- 为植物比较基因组学社区提供有价值的基因组资源.
主要方法:
- 仅使用单分子实时测序 (SMRT) 技术进行全基因组测序.
- 通过SMRT测序生成的长读数 (> 16千基) 的组合.
- 组装基因组的分析,包括基因含量和重复序列.
主要成果:
- 实现了Oropetium基因组 (244个元基) 的99%组合,以2.4个元基N50长度为625个元基.
- 创建了一个"几乎完整"的基因组草稿,覆盖了基因空间和基因间区域 (中间体,端粒,可转移元素,rRNA集群).
- 鉴定了28,466个蛋白质编码基因,43%的重复序列,并将Oropetium描述为已知的最小的草基因组,具有紧的圣色区域.
结论:
- 在组装高质量的植物和真核生物基因组方面,SMRT测序非常有效.
- 欧罗佩基因组代表了基因组组装的重大进步,包括通常未组装的区域.
- 这种组装的基因组是植物比较基因组学研究的重要资源.


