无标签,在溶液中选库以与蛋白质标使用交换质谱
1Department of Nucleic Acid and Protein Structure, Agricultural Genetic Engineering Research Institute, Agricultural Research Center , Giza 12619, Egypt.
Journal of the American Chemical Society
|January 8, 2016
概括
这项研究引入了一种用于选无标签库的新方法,以寻找溶液中的标蛋白. 该技术使用质谱检测通过减少的化物交换来检测结合,成功识别特定的结剂.
科学领域:
- 生物化学
- 蛋白质组学
- 化学生物学
背景情况:
- 发现蛋白质对象通常需要选大型标记库.
- 现有的方法如菌体显示需要结,限制了直接的溶液相选.
- 需要使用批量选无标签的方法来选目标结合.
研究的目的:
- 开发和演示一种用于选溶液中的无标签库的新方法.
- 在没有单个标记的情况下,识别与特定蛋白质结的联体.
- 通过质谱测量测量胺交换的减少,作为基-基结合的读数.
主要方法:
- 在单一批量中选无标签库 (来自大肠杆菌蛋白质组的6664个特征).
- 通过质谱检测发现的化物交换减少,以识别结合.
- 用已知的结合 (例如,eNOS 结合,RNase S ) 进行验证.
- 采用新的数据分析工作流程来识别特定的-对象相互作用.
主要成果:
- 成功选了一个大型的无标签库对抗蛋白 (人类卡尔莫杜林,牛核糖酶S).
- 确定了特定的内皮氧化合成酶 (eNOS) 作为唯一的卡尔莫杜林结合.
- 确定S是复杂库中唯一的S结合.
- 证明了减少化物交换方法在混合物中识别结合物的有效性.
结论:
- 开发的方法可以有效地对溶液中的蛋白库进行无标签选.
- 这种方法克服了传统标记图书馆选方法的局限性.
- 该技术为生物化学和药物开发中的联体发现提供了强大的新工具.
