全球阿拉比多普西斯·塔利亚纳群的表观遗传多样性
Taiji Kawakatsu1, Shao-Shan Carol Huang2, Florian Jupe2
1Plant Biology Laboratory, The Salk Institute for Biological Studies, La Jolla, CA 92037, USA; Genomic Analysis Laboratory, The Salk Institute for Biological Studies, La Jolla, CA 92037, USA; Genetically Modified Organism Research Center, National Institute of Agrobiological Sciences, Tsukuba, Ibaraki 305-8602, Japan.
Cell
|July 16, 2016
概括
地理起源显著影响了Arabidopsis thaliana的DNA甲基化和基因表达,影响了适应性. 这项研究为了解自然植物种群的表观遗传变异提供了丰富的资源.
科学领域:
- 植物基因组学
- 表观遗传学
- 种群遗传学
背景情况:
- 表观基因组调节基因组的可访问性,功能和结构,影响表型和适应性.
- 表观遗传变异,特别是DNA甲基化,在基因表达和生物特征中起着至关重要的作用.
研究的目的:
- 调查DNA甲基化变异对自然种群的适应性的贡献.
- 为1001个基因组集合创建一个全面的甲基组和转录组资源.
主要方法:
- 产生了1107个单基分辨率甲基组和1203个转录组.
- 分析了与地理来源和基因表达有关的DNA甲基化模式.
- 综合表观基因组数据与细胞组,表观基因组和共表达模块数据集.
- 为各种基因组构建物理地图,以评估结构变异的影响.
主要成果:
- 地理起源是全基因组DNA甲基化水平和基因驱动基因表达变化的关键预测因素.
- 鉴定了甲基化变异的复杂遗传基础.
- 揭示了转录因子结合点,甲基化,核酸变异和基因共同表达之间的关联.
- 转体和结构变异对表观基因组有显著影响,特别是影响免疫基因.
结论:
- 1001表观基因组项目为研究DNA甲基化在植物表型中的作用提供了宝贵的资源.
- 由地理和结构因素影响的表观遗传变异是Arabidopsis适应和基因调节的重要因素.
