Perturb-Seq:通过可扩展的单细胞RNA分析对聚合基因屏幕进行分子电路剖析
Atray Dixit1, Oren Parnas2, Biyu Li2
1Broad Institute of MIT and Harvard, Cambridge, MA 02142, USA; Harvard-MIT Division of Health Sciences and Technology, Cambridge, MA 02139, USA.
Cell
|December 17, 2016
概括
这项研究引入了Perturb-seq,该方法结合了单细胞RNA测序和CRISPR扰动来进行大规模的基因功能分析. 它可以对复杂的细胞表型进行可扩展的测试,显著推进了聚合基因组研究.
科学领域:
- 基因组学
- 分子生物学
- 免疫学
背景情况:
- 在哺乳动物细胞中测试复杂的表型如转录形状具有挑战性.
- 基因选对于推断基因功能至关重要,但对复杂的读数范围有限.
研究的目的:
- 开发一种可扩展的方法来测试复杂的表型,使用聚合的遗传干扰.
- 能够对哺乳动物细胞中的基因功能和相互作用进行高通量分析.
主要方法:
- 开发Perturb-seq,将单细胞RNA测序 (RNA-seq) 与基于CRISPR的扰动进行整合.
- 使用Perturb-seq分析20万个细胞,包括免疫细胞和细胞系.
- 专注于调节树突细胞对脂聚糖 (LPS) 的转录因子.
主要成果:
- Perturb-seq准确地识别了受干扰影响的基因目标,特征和细胞状态.
- 发现了受影响基因之间的基因相互作用.
- 对差异化,抗病毒反应和线粒体功能的调节者确定了新功能.
结论:
- Perturb-seq显著扩大了组合基因组测试的范围.
- 该方法允许将高含量测量分解为扰动效应,相互作用和细胞元数据.
- 能够更深入地了解免疫激活等复杂生物过程中的基因功能.
