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Updated: Feb 8, 2026

Pooled CRISPR-Based Genetic Screens in Mammalian Cells
Published on: September 4, 2019
多复合单细胞CRISPR选平台可系统剖析未折叠的蛋白质反应
Britt Adamson1, Thomas M Norman1, Marco Jost2
1Department of Cellular & Molecular Pharmacology, University of California, San Francisco, San Francisco, CA 94158, USA; Howard Hughes Medical Institute, University of California, San Francisco, San Francisco, CA 94158, USA; California Institute for Quantitative Biomedical Research, University of California, San Francisco, San Francisco, CA 94158, USA; Center for RNA Systems Biology, University of California, San Francisco, San Francisco, CA 94158, USA.
通过将单细胞RNA测序与CRISPR扰动相结合,Perturb-seq使深度功能基因组学成为可能. 这种方法可以高精度地剖析复杂的细胞反应,如未折叠的蛋白质反应 (UPR).
科学领域:
- 基因组学
- 分子生物学
- 细胞生物学
背景情况:
- 功能性基因组学研究经常面临扰乱数量和测量表型的复杂性之间的权衡.
- 现有的方法限制了扰动分析的规模和分辨率.
研究的目的:
- 开发和应用一种新的方法,Perturb-seq,可以弥合高通量扰动选和详细的表型.
- 使用单个和组合CRISPR扰动来剖析哺乳动物展开的蛋白质反应 (UPR).
主要方法:
- Perturb-seq将基于滴滴的单细胞RNA测序与CRISPR扰动的条形码策略相结合,从而实现聚合选.
- 进行基因组级CRISPR干扰 (CRISPRi) 查以确定影响ER稳态的基因.
- 应用单细胞RNA测序来分析多种干扰的影响.
主要成果:
- Perturb-seq使参与UPR的高精度功能聚类成为可能.
- 单细胞分析显示,在经历相同扰动的细胞内,UPR分支的分叉激活.
- 发现了UPR分支的差异激活,包括转位和IRE1α之间的反循环.
结论:
- 在单细胞分辨率下解剖复杂的细胞路径.
- 这项研究提供了ER平衡传感器如何监测不同的压力.
- 这些发现突显了Perturb-seq对大规模功能基因组学的有用性.
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