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Updated: May 5, 2026

Pooled CRISPR-Based Genetic Screens in Mammalian Cells

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Published on: September 4, 2019

通过将CRISPR聚合屏幕与单细胞RNA-Seq连接来剖析免疫电路

Diego Adhemar Jaitin¹, Assaf Weiner², Ido Yofe¹

¹Department of Immunology, Weizmann Institute, Rehovot 76100, Israel.

|December 17, 2016

概括

CRISP-seq集成了单细胞RNA测序和CRISPR屏幕,以绘制细胞调节电路中的基因相互作用. 这种方法揭示了Cebpb和Irf8等因素如何控制免疫细胞的发育和功能.

科学领域:

免疫学
基因组学
细胞生物学

背景情况:

多细胞生物依赖复杂的细胞多样性和反应的调节回路.
细胞异质性和电路交叉通话带来了重大研究挑战.
了解这些调节网络对于破译生物过程至关重要.

研究的目的:

开发一种集成的方法,同时对单细胞中的基因组扰动和转录组进行分析.
阐明多个因素的功能及其在调节电路中的相互作用.
为了研究先天免疫的调节回路.

主要方法:

CRISP-seq:一种综合方法,结合了大规模并行单细胞RNA测序 (RNA-seq) 和集群定期间隔的短平行列重复 (CRISPR) 组合屏幕.
在体外和体内 (小鼠) 对数以万计的乱细胞进行CRISP-seq的应用.
来自单个细胞的基因组扰动和转录组数据的分析.

主要成果:

在先天免疫中确定了发育和信号依赖因素之间的相互作用和冗余性.
发现Cebpb和Irf8在调节单细胞/巨细胞与树突细胞系中的对立作用.
在单细胞与树突细胞对病原体的反应中发现了Rela和Stat1/ 2的差异功能.

结论:

CRISP-seq是一种广泛适用的,全面的,公正的方法,用于阐明哺乳动物的调节回路.
该方法可以同时阐明多个因子函数和相互作用.
CRISP-seq为先天免疫调节的复杂性提供了新的见解.

关键词:

在CRISPR/Cas9中在RNA-seq 功能性基因组学基因网络基因检查免疫反应天生的免疫力一个细胞RNA-seq 转录组学

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