通过现场空间相关的DNA裂变映射揭示了可变的染色质结构
Viviana I Risca1, Sarah K Denny2, Aaron F Straight3,4
1Department of Genetics, Stanford University School of Medicine, Stanford, California 94305, USA.
这项研究使用RICC-seq绘制核细胞相互作用尺度上的染色体构造图. 它揭示了异性染色体中的交替核结构,支持染色体结构的可变紧缩模型.
科学领域:
- 分子生物学
- 基因组学
- 表观遗传学
背景情况:
- 染色体的二次结构,特别是核体与核体的相互作用,对于基因调节至关重要,但人们对其了解甚少.
- 现有的知识主要集中在单核体结构或长距离染色体循环上.
研究的目的:
- 在1-3核素 (50-500 bp) 尺度上生成人类染色体构成的第一个全基因组图.
- 研究基因组修饰对核细胞相互作用模式的影响.
主要方法:
- 使用电离辐射诱导的空间相关的DNA裂变与测序 (RICC-seq) 来检测近距离的DNA-DNA接触.
- 分析了RICC-seq数据以绘制核细胞相互作用水平上的染色体构成图.
主要成果:
- 确定了三核酶体单位内交替核酶体相互作用的区域丰富,特别是在标记H3K9me3的异染色体中.
- 在开放的,H3K27me3标记的和H3K9me3标记的染色体中推断出不同的核细胞接触概率.
- 与H3K9me3标记的染色体数据相一致的堆叠交替核细胞的紧型双开螺旋纤维.
结论:
- 跨相核中的染色体结构涉及两起螺旋纤维的可变纵向紧缩.
- 这些发现提供了关于核细胞尺度上的染色质结构如何影响DNA可访问性和转录性的见解.
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