通过生物化dCas9捕获染色体相互作用
Xin Liu1, Yuannyu Zhang1, Yong Chen2
1Children's Medical Center Research Institute, Department of Pediatrics, University of Texas Southwestern Medical Center, Dallas, TX 75390, USA.
Cell
|August 26, 2017
概括
研究人员开发了一种新的CRISPR亲和性净化在位调节元件 (CAPTURE) 方法,以识别特定基因组位置的未知蛋白质复合体和DNA相互作用. 这种方法揭示了 cis 调节元件如何控制发育和疾病中的基因表达.
科学领域:
- 基因组学
- 分子生物学
- 表观遗传学
背景情况:
- 对基因调节至关重要,但它们的分子组成在很大程度上是未知的.
- 现有的方法通常依赖于相关的染色体特征,限制了新型调节因子的发现.
研究的目的:
- 开发一种无偏见的方法来识别特定位置的染色体调节蛋白质复合体和长距离的DNA相互作用.
- 研究CREs在人类发育和疾病中的组成和功能.
主要方法:
- 使用生物化,缺核酶的Cas9和导向RNA在现场进行调节元素的亲和净化 (CAPTURE).
- 在单复制基因组位点的高分辨率选择性分离.
- 适用于人类端粒,β-环球蛋白基因增强剂和与疾病相关的cis元素.
主要成果:
- CAPTURE成功地确定了已知的和新的端粒因子.
- 展示了增强器集群的基于组成的层次组织.
- 揭示了在发育和疾病中因果控制基因转录的CREs的空间特征.
结论:
- CAPTURE方法提供了一个强大的工具,用于对特定场所的监管构成进行公正,全面的分析.
- 这种方法为基因组结构和功能提供了机械的见解,影响了我们对发育和疾病的理解.


