一个单细胞转录组分辨率的Drosophila胚胎
Nikos Karaiskos1, Philipp Wahle2, Jonathan Alles1
1Systems Biology of Gene Regulatory Elements, Berlin Institute for Medical Systems Biology (BIMSB), Max Delbrück Center for Molecular Medicine in the Helmholtz Association (MDC), 13125 Berlin, Germany.
Science (New York, N.Y.)
|September 2, 2017
概括
研究人员使用单细胞测序和计算映射创建了一个虚拟的3D果胚胎模型. 这个工具可视化基因表达模式,以了解发育过程和基因调节.
科学领域:
- 发育生物学
- 计算生物学
- 基因组学
背景情况:
- 早期的Drosophila胚胎发生涉及数千个细胞的复杂基因表达模式.
- 了解基因的空间分布对于解读发育机制至关重要.
研究的目的:
- * 开发一个用于重建胚胎和预测单细胞空间基因表达的计算策略.
- 创建一个虚拟胚胎模型和一个交互式数据库来探索基因表达数据.
主要方法:
- *精确分阶段的单细胞胚胎的测序.
- *DistMap:用于空间重建的计算映射策略.
- * 开发了Drosophila虚拟表达器 (DVEX) 数据库.
主要成果:
- 一个虚拟Drosophila胚胎的重建,每个细胞大约有8000个表达的基因.
- 通过DVEX生成3D虚拟现场杂交和基因表达梯度.
- * 转录因子, lncRNA 和信号通路组件的未发现的模式表达.
结论:
- * 发现Hippo信号的空间调节是异步细胞增殖的潜在机制.
- * 开发的方法提供了适用于其他复杂组织的转录组蓝图.
- *DVEX作为一个有价值的资源来研究Drosophila的空间基因表达.
