小鼠内皮细胞单细胞转录组图谱
Joanna Kalucka1, Laura P M H de Rooij1, Jermaine Goveia1
1Laboratory of Angiogenesis and Vascular Metabolism, Center for Cancer Biology, and Department of Oncology and Leuven Cancer Institute (LKI), VIB and KU Leuven, 3000 Leuven, Belgium.
Cell
|February 16, 2020
概括
这项研究绘制了11个小鼠组织中的超过32,000个内皮细胞 (EC),揭示了78个不同的EC子集群. 组织类型,而不是血管类型,推动了EC异质性,为血管研究提供了新的资源.
科学领域:
- 内皮细胞生物学
- 转录组学
- 血管研究
背景情况:
- 不同组织内皮细胞 (EC) 的异质性尚未完全理解.
- 目前存在的知识差距阻碍了血管功能和疾病的综合分析.
研究的目的:
- 来自多个小鼠组织的内皮细胞 (EC) 创建一个全面的单细胞转录组图谱.
- 识别和分类不同的EC子集群,并了解EC异质性的驱动因素.
主要方法:
- 来自11只小鼠组织的32000多个内皮细胞的单细胞RNA测序 (scRNA-seq).
- 生物信息分析以确定EC子集群,标记基因,并评估转录组相似性.
主要成果:
- 确定了78个不同的EC子集群,包括Aqp7+肠道毛细血管等特定组织的子类型.
- 发现组织类型,而不是血管类型 (动脉,静脉,毛细血管,淋巴) 是EC异质性的主要决定因素.
- 发现了EC内代谢基因表达的组织依赖性模式.
结论:
- 开发的EC图谱为发现EC亚型和了解血管生物学提供了宝贵的资源.
- 组织特异性的EC转录体在血管异质性中起着至关重要的作用.
- 这种分类学有助于在公共数据集中识别EC子集群,促进血管研究.
