自报转子使单个细胞同时读取基因表达和转录因子结合
Arnav Moudgil1, Michael N Wilkinson2, Xuhua Chen2
1Department of Genetics, Washington University School of Medicine in St. Louis, St. Louis, MO 63110, USA; Edison Family Center for Genome Sciences and Systems Biology, Washington University School of Medicine in St. Louis, St. Louis, MO 63110, USA; Medical Scientist Training Program, Washington University School of Medicine in St. Louis, St. Louis, MO 63110, USA.
我们开发了单细胞通话卡 (scCC) 来绘制单个细胞中的转录因子结合点 (TFBS). 这种新方法将细胞身份与TFBS联系起来,进步复杂组织中的基因调节研究.
科学领域:
- 分子生物学
- 基因组学
- 细胞生物学
背景情况:
- 细胞异质性使转录因子 (TF) 结合的现场分析复杂化.
- 目前的单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 方法可以识别细胞类型,但不能将细胞身份与特定的TF结合位点 (TFBS) 联系起来.
研究的目的:
- 开发一种新型检测方法,同时测量单细胞中的基因表达和TFBS.
- 建立一种在现场将细胞身份与TF结合事件的方法.
主要方法:
- 可以从mRNA中恢复的自我报告转子 (SRT) 的开发.
- 整合SRT与TF转化酶融合以映射TFBS.
- 应用单细胞呼叫卡 (scCC) 试验,将scRNA-seq与SRT映射相结合,用于同时基因表达和TFBS分析.
主要成果:
- 对scCC与多个TF的基准测试表明其有效性.
- 在使用scCC的K562细胞中发现BRD4介导的细胞状态转换.
- 在单细胞分辨率下绘制小鼠皮质中的BRD4结合部位.
结论:
- 单细胞电话卡 (scCC) 为现场TF生物学研究提供了一种强大的新方法.
- 通过scCC测定,可以同时识别细胞类型及其相关TFBS.
- 这种技术为了解单细胞水平的基因调节和细胞状态动态开辟了新的途径.
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