在整个组织和单细胞分辨率下变化的小鼠胚胎转录组
Peng He1,2, Brian A Williams3, Diane Trout1
1Division of Biology and Biological Engineering, California Institute of Technology, Pasadena, CA, USA.
Nature
|July 31, 2020
概括
这项研究绘制了小鼠在发育过程中的多ARNA,揭示了动态基因表达模式. 神经生成和血液形成是关键的驱动因素,促进体去抑制被确定为主要的调节机制.
科学领域:
- 发育生物学
- 基因组学
- 转录组学
背景情况:
- 哺乳动物胚胎发生涉及复杂的基因表达以建立组织身份.
- 了解发育基因调节对于发育生物学至关重要.
研究的目的:
- 在胚胎发育过程中系统量化小鼠多A-RNA转录组.
- 描述基因表达差异的全球结构和关键驱动因素.
- 确定监管机制,包括转录因子网络和表观基因组资料.
主要方法:
- 在17个组织中从胚胎第10.5天到出生时对小鼠多ARNA的系统定量.
- 使用单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 进行组织水平转录组的分解.
- 与ENCODE表观基因组概况和IDEAS模型整合促进体序列动机.
主要成果:
- 发育转录组是通过细胞分化,体轴和细胞增殖基因组进行全球结构的.
- 神经发生和血液形成显著主导基因表达和细胞类型的差异.
- 在神经元表达集群中发现了一种涉及抑制剂的促进体去抑制机制.
- 对正在发育的肢体进行scRNA-seq分析,确定了25种细胞类型与推断的血统关系.
结论:
- 动态基因表达,特别是神经发生和血液形成,塑造了哺乳动物的胚胎发育.
- 促进体去抑制是神经元发育中的关键调节机制.
- 转录基因和表观基因数据的综合分析为发育研究提供了宝贵的资源.
