单细胞蛋白活性分析确定与复发相关的瘤巨细胞
Aleksandar Obradovic1, Nivedita Chowdhury2, Scott M Haake3
1Columbia Center for Translational Immunology (CCTI), Columbia University Irving Medical Center (CUMC), New York, NY 10032, USA; Department of Systems Biology, HICC, New York, NY 10032, USA.
Cell
|May 21, 2021
概括
研究人员在清细胞瘤 (ccRCC) 中发现了一种特定的巨子群,可以预测患者在手术后复发. 这些发现为ccRCC提供了潜在的新生物标志物和治疗点.
科学领域:
- 癌症学
- 免疫学
- 基因组学
背景情况:
- 清细胞瘤 (ccRCC) 呈现出显著的异质性,导致患者在手术后的结果变化.
- 了解瘤微环境 (TME) 对于预测ccRCC进展和确定治疗点至关重要.
研究的目的:
- 使用单细胞RNA测序创建ccRCC瘤微环境的详细地图.
- 在ccRCC TME中识别新的细胞亚群及其调节剂.
- 发现ccRCC复发的潜在预后生物标志物.
主要方法:
- 从未接受过治疗的ccRCC患者的瘤和相邻组织的单细胞RNA测序 (scRNA- seq).
- 应用VIPER算法来量化单细胞蛋白活性.
- 使用流细胞计和空间分辨的定量多谱免疫光学验证.
主要成果:
- 确定关键的TME亚群及其主调节剂,包括细胞间相互作用.
- 发现具有高TREM2/APOE/C1Q表达的瘤特异性巨细胞亚群.
- 验证TREM2/APOE/C1Q在术后复发的患者的瘤中显著增强.
结论:
- 具有TREM2/APOE/C1Q阳性的巨亚群是ccRCC复发的潜在预后生物标志物.
- 这种巨细胞的特征代表了针对性ccRCC治疗的有希望的候选者.
- 单细胞蛋白活性分析揭示了仅基因表达所遗漏的临床相关的TME群体.


