使用DNA测序数据量化T细胞分数和治疗反应
Robert Bentham1,2, Kevin Litchfield2,3, Thomas B K Watkins4
1Cancer Genome Evolution Research Group, Cancer Research UK Lung Cancer Centre of Excellence, University College London Cancer Institute, London, UK.
Nature
|September 9, 2021
概括
一种名为T细胞ExTRECT的新方法,可以从全外体测序数据中估计T细胞分数. 这种方法有助于预测免疫治疗反应和了解各种癌症中的瘤免疫透.
科学领域:
- 癌症学
- 免疫学
- 基因组学
背景情况:
- 瘤微环境影响癌症的进展和免疫疗法的有效性.
- 精确测量瘤透淋巴细胞 (TIL) 是至关重要的,但由于数据的可用性而受到限制.
- 整体外体测序 (WES) 常用于瘤突变负担和突变识别.
研究的目的:
- 开发一种新的方法,T细胞ExTRECT,用于从WES数据中估计T细胞分数.
- 验证T细胞ExTRECT与现有TIL测量的相关性,并评估其预后和预测价值.
- 在泛癌群体中探索免疫透的多样性,并确定与T细胞透相关的遗传因素.
主要方法:
- 开发了T细胞ExTRECT,一种利用WES数据的T细胞受体切除循环 (TREC) 损失信号的方法.
- 对不同样本类型的正交TIL估计进行了验证TCRAT细胞分数.
- 进行了免疫治疗瘤的分析, 并分析了全癌症队列.
主要成果:
- TCRA T细胞分数与TIL估计有很强的相关性,并且与样本类型无关.
- 血液TCRAT细胞分数在女性中较高,与瘤免疫透和细菌读数相关.
- 瘤TCRAT细胞分数预测了肺腺癌和免疫治疗反应的预后.
- 在12q24. 31-32时的亚克隆损失与TCRAT细胞分数的减少有关.
结论:
- T细胞ExTRECT提供了一种具有成本效益的方法来评估WES数据的免疫透.
- 这种方法为癌症患者,特别是接受免疫治疗的患者提供了有价值的预后和预测信息.
- 增强我们对瘤免疫异质性及其遗传基础的理解.
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