单细胞eQTL映射识别了自身免疫性疾病的细胞类型特定遗传控制
Seyhan Yazar1, Jose Alquicira-Hernandez1,2, Kristof Wing3,4
1Garvan-Weizmann Centre for Cellular Genomics, Garvan Institute of Medical Research, Sydney, NSW, Australia.
Science (New York, N.Y.)
|April 7, 2022
概括
这项研究揭示了基因变异如何影响个体免疫细胞功能. 研究人员使用单细胞测序确定了导致免疫反应和自身免疫疾病易感性的遗传因素.
科学领域:
- 免疫学
- 遗传学
- 计算生物学
背景情况:
- 人体免疫系统的个体变化导致自身免疫性疾病的不同易感性.
- 了解免疫细胞功能的基因基础对于个性化医学至关重要.
研究的目的:
- 研究人类免疫细胞基因表达的个体间变异的遗传基础.
- 在细胞水平上确定与自身免疫性疾病风险相关的遗传位置.
主要方法:
- 来自982名健康个体的1,267,758个外周血液单核细胞的单细胞RNA测序 (scRNA-seq).
- 在14种细胞类型中确定cis和trans表达量的特征位点 (eQTL).
- 应用孟德尔随机化来将遗传风险位置与自身免疫性疾病机制联系起来.
主要成果:
- 发现了26597个cis-eQTL和990个trans-eQTL,其中许多具有细胞类型特异性的影响.
- 在过渡性B细胞中观察到eQTL的动态基效应.
- 证明了常见的遗传变异如何影响免疫功能变异性.
结论:
- 遗传因素对免疫系统的功能有很大影响.
- 这项研究为自身免疫性疾病的病因提供了细胞层面的见解.
- 将遗传流行病学与scRNA-seq结合起来,绘制免疫变异驱动因素.
