在单细胞分辨率下Drosophila胚胎发育的连续
Diego Calderon1, Ronnie Blecher-Gonen1,2, Xingfan Huang1,3
1Department of Genome Sciences, University of Washington, Seattle, WA 98195, USA.
Science (New York, N.Y.)
|August 4, 2022
概括
这项研究使用单核基因组学绘制了果发育过程中的基因调节. 在绝对时间内显示增强剂活性和转录因子表达的动态变化.
科学领域:
- 发育生物学
- 基因组学
- 计算生物学
背景情况:
- * Drosophila melanogaster* 是研究甲基动物发育和基因调节的关键模型生物.
- * 了解发育过渡需要高分辨率的分子数据.
研究的目的:
- * 创建一个高分辨率的基因调节在Drosophila*胚胎发生过程中的时间地图.
- * 关联染色体可访问性,基因表达和转录因子活性的动态变化.
主要方法:
- 在近150万个细胞核中分析染色体的可访问性和基因表达.
- 使用深度神经网络从发育异步推断核年龄.
- * 推断细胞系和发育关系
主要成果:
- 在绝对时间内生成分子和细胞转换的连续多模式视图.
- * 已确定细胞系及其发育轨迹.
- * 增强剂使用,转录因子 (TF) 表达和TF动机可访问性的相关动态变化.
结论:
- 这项研究为探索发育动态提供了前所未有的时间分辨率.
- * 能够详细分析基因调节,包括细胞基因组激活,以分钟为尺度.
- 提供了了解元动物的发育过渡的宝贵资源.
