实时测量可以记录单个细胞的时间转录
Wanze Chen1,2,3, Orane Guillaume-Gentil4, Pernille Yde Rainer1,2
1Laboratory of Systems Biology and Genetics, Institute of Bio-engineering and Global Health Institute, School of Life Sciences, Swiss Federal Institute of Technology (EPFL), Lausanne, Switzerland.
Nature
|August 17, 2022
概括
在保持细胞活性的同时,Live-seq可实现单细胞转录组概况. 这种创新方法可以随着时间的推移跟踪细胞行为, 将单细胞RNA测序转化为时间分析方法.
科学领域:
- 分子生物学
- 基因组学
- 细胞生物学
背景情况:
- 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 对于理解细胞异质性至关重要.
- 目前的scRNA-seq方法对细胞进行溶解,防止对相同细胞进行后续分析.
研究的目的:
- 开发一种单细胞转录组分析方法,以保持细胞活力.
- 为了使细胞的转录组与下游的分子和表型行为结合起来.
主要方法:
- 使用流体力显微镜进行RNA提取,保持细胞活力.
- 基准测试包括评估细胞生长,功能反应和转录组读数.
- 概念验证研究包括对巨细胞和脂肪层细胞的顺序分析,以及转录记录.
主要成果:
- 活分离精确地分层各种细胞类型和状态,最小的细胞干扰.
- 在刺激/分化后证明了巨细胞和脂肪层细胞轨迹的序列映射.
- 确定基底NFKbia表达和细胞周期状态是巨细胞LPS反应异质性的关键决定因素.
结论:
- 现场测试将scRNA-seq从终点分析转换为时间分析方法.
- 这种方法允许转录组数据与下游细胞行为直接合.
- 开辟了研究动态细胞过程和反应的新途径.


