结直肠癌中的状态转换和免疫相互作用的多重化3D地图
Jia-Ren Lin1, Shu Wang2, Shannon Coy3
1Ludwig Center at Harvard and Laboratory of Systems Pharmacology, Harvard Medical School, Boston, MA, USA.
Cell
|January 20, 2023
概括
先进的固体癌症表现出复杂的细胞相互作用和变异. 整个样本的成像显示出大规模的分子梯度, 挑战离散瘤状态模型.
科学领域:
- 癌症学
- 计算生物学
- 病理学
背景情况:
- 先进的固体癌症是复杂的,多样化的系统,包括瘤,免疫和层细胞.
- 瘤内变异是影响癌症进展和治疗反应的关键特征.
研究的目的:
- 使用先进的成像和计算方法识别结直肠癌诊断和预后特征的细胞类型和状态.
- 研究瘤内部和侵袭边缘的空间关系和分子梯度.
主要方法:
- 通过高度多重化的组织成像,可以同时捕获多个标记物.
- 3D重建和空间统计分析组织结构.
- 机器学习算法以识别细胞类型,状态和形态特征.
- 在高复数标记空间中对特征进行量化,以揭示转变和梯度.
主要成果:
- 确定了瘤形态之间的反复过渡,与瘤基因和表观基因调节表达的长距离梯度相关.
- 瘤侵袭边缘的T细胞抑制涉及多种细胞类型.
- 三维成像显示了相互连接的三级淋巴体结构,
结论:
- 整体样本成像突出显示了癌症的大规模形态和分子梯度,类似于发育组织.
- 这种方法提供了超越离散遗传变化的瘤异质性的更全面的理解.
- 对细胞相互作用和分子景观的空间分析对于理解癌症生物学至关重要.
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