用GeneXpert®系统检测到的SARS-CoV-2的循环值 (Ct) 和与不同目标基因失败相关的突变
Keita Yamashita1, Terumi Taniguchi1, Noriyasu Niizeki1
1Department of Laboratory Medicine, Hamamatsu University School of Medicine, Hamamatsu 431-3192, Japan.
Current issues in molecular biology
|May 26, 2023
概括
在SARS-CoV-2测试原始体中的特定突变在医院COVID-19爆发期间导致不准确的结果. 将基因之间的周期值进行比较,提高了病毒传播的准确性和理解.
科学领域:
- 分子生物学分子生物学
- 病毒学 病毒学
- 流行病学 流行病学
背景情况:
- 实时定量逆转录聚合酶链反应 (qRT-PCR) 对于快速检测SARS-CoV-2至关重要.
- 准确的基因型鉴定对于了解当地流行病学和感染传播途径至关重要.
- 在使用标准的qRT-PCR方法进行实时基因型鉴定存在挑战.
研究的目的:
- 为了调查在医院内COVID-19集群期间SARS-CoV-2核酸检测测试结果的差异.
- 在特定的SARS-CoV-2检测试验中观察到不准确的周期值 (Ct) 值的原因.
- 评估改善SARS-CoV-2检测准确性和流行病学监测的方法.
主要方法:
- 使用GeneXpert®系统进行SARS-CoV-2检测.
- 进行了桑格序列测试,以确定原料和探针结合部位的突变.
- 在精选的SARS-CoV-2阳性样本上进行全基因组测序 (WGS).
- 从不同的目标基因 (N2和信封) 中分析了周期值 (Ct) 值.
主要成果:
- 在N2区域的原料和探针结合部位中发现了G29179T突变.
- 对N2区域的CT值大约比受影响样本的信封基因高10个周期.
- 全基因组测序确定了与集群相关的病毒基因组为BA.2.10.
- 在345名SARS-CoV-2阳性患者中,在21名患者中观察到CT值的差异,其中17名患者与集群有关.
结论:
- 原料和探针结合部位的突变可以显著影响SARS-CoV-2的qRT-PCR准确性.
- 在不同的基因中比较Ct值提供了一种实际的方法来提高测试准确性.
- 改进的诊断平台可以帮助实时监测病毒传播和试剂质量控制.
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