一个无异质性的转录组内瘤签名克服了对肝细胞癌的预后风险分类中的采样偏差
Shangyi Luo1,2, Ying Jia2,3, Yajing Zhang1,2
1NHC and CAMS Key Laboratory of Molecular Probe and Targeted Theranostics, Harbin Medical University, Harbin, Heilongjiang, China.
JHEP reports : innovation in hepatology
|May 26, 2023
概括
在肝细胞癌 (HCC) 中的内瘤异质性 (ITH) 偏向RNA生物标志物. 研究人员开发了无ITH生物标志物AUGUR,克服了采样偏差并提高了HCC患者的预后准确性.
科学领域:
- 在瘤学瘤学.
- 基因组学就是基因组学.
- 生物标志物发现发现
背景情况:
- 内瘤异质性 (ITH) 复杂化了肝细胞癌 (HCC) 生物标志物的发展.
- 单次活检RNA表达生物标志物容易受到瘤采样偏差的影响.
- ITH是HCC患者精确分层的一个未解决的因素.
研究的目的:
- 确定肝细胞癌 (HCC) 的内瘤异质性无预测生物标志物.
- 开发一种强大的生物标志物,克服HCC患者分层的抽样偏差.
主要方法:
- 使用多区域HCC转录组数据集量化的转录组异质性.
- 开发了一种新的生物标志物,AUGUR (使用RNA的实用小工具),基于异质性指标.
- 在7个不同的HCC队列中验证了AUGUR的性能,其中包括1206名患者.
主要成果:
- 发表的预后签名显示出由于ITH造成的显著不一致 (39.9%).
- 开发的AUGUR签名证明了可重复性和稳定性,独立于ITH.
- 与13个现有的签名相比,AUGUR显示出更高的辨别能力和预后准确性.
- 一个整合AUGUR和TNM阶段的nomogram提供了准确的死亡率预测.
结论:
- 一个无瘤异质性生物标志物 (AUGUR) 和名谱被开发和验证为HCC.
- 这种方法克服了采样偏差,提供可靠的预后信息.
- AUGUR和集成的诺米图增强了HCC患者的精确分层.
