在生物信息学基础上识别CircRNA-MicroRNA-mRNA网络,用于动脉疾病
Linghong Song1, Yubing Wang1, Yufei Feng1
1NHC Key Laboratory of Prevention and Treatment of Central Asia High Incidence Diseases (First Affiliated Hospital, School of Medicine, Shihezi University), Department of Pathology and Key Laboratory for Xinjiang Endemic and Ethnic Diseases, Shihezi University School of Medicine, Shihezi, Xinjiang, China.
Genetics research
|May 26, 2023
概括
这项研究确定了新型circRNA-miRNA-mRNA网络,涉及形大动脉膜疾病 (CAVD) 病原体. 这些发现为治疗这种常见的心脏门疾病提供了潜在的新治疗点.
科学领域:
- 心血管生物学 心血管生物学
- 分子遗传学 分子遗传学
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 动脉疾病 (CAVD) 是最常见的原生膜疾病,其特征是膜间歇细胞 (VIC) 骨质分化和膜内皮细胞 (VEC) 功能障碍.
- 循环RNAs (circRNAs) 调节骨质分化和疾病进展,但它们在CAVD中的作用尚未被理解.
研究的目的:
- 研究circRNA-miRNA-mRNA网络在性大动脉病 (CAVD) 病原发生中的功能和意义.
- 根据这些监管网络,确定CAVD的潜在治疗点.
主要方法:
- 使用了从GEO获得的CAVD患者的mRNA,miRNA和circRNA数据集.
- 鉴定了差异表达 (DE) 环RNA,miRNA和mRNA.
- 使用生物信息学工具和预测的监管相互作用构建circRNA-miRNA-mRNA网络.
- 进行了基因本体学 (GO) 和基因和基因组的京都百科全书 (KEGG) 路径分析.
- 通过蛋白质-蛋白质相互作用 (PPI) 网络识别了枢纽基因.
主要成果:
- 确定了32个DE-circRNA,206个DE-miRNA和2170个DE-mRNA.
- 已经确定了59种常见的mRNAs (FmRNAs) 用于网络构建.
- 凯格分析显示了癌症,JAK-STAT信号传递,细胞循环和MAPK信号传递等途径的丰富.
- 对GO的分析强调了转录,核和蛋白质同质化活动的丰富.
- 鉴定了8个枢纽基因,从而在CAVD中构建了3个潜在的调节网络:hsa_circ_0026817-hsa-miR-211-5p-CACNA1C,hsa_circ_0007215-hsa-miR-1252-5p-MECP2和hsa_circ_0007215-hsa-miR-1343-3p-RBL1.
结论:
- 生物信息分析揭示了circRNA-miRNA-mRNA网络在CAVD病变发生过程中的功能作用.
- 这些已识别的网络及其组件代表了CAVD治疗的新型治疗点.
