非模型生物的综合RNA-Seq分析管道及其在Schmidtea mediterranea中的应用
Yanzhi Wang1, Sijun Li1, Baoting Nong2
1Key Laboratory of Gene Engineering of the Ministry of Education, Institute of Healthy Aging Research, School of Life Sciences, Sun Yat-sen University, Guangzhou 510006, China.
Genes
|May 27, 2023
概括
PipeOne-NM是一个新的RNA测序分析管道,用于非模型生物. 它可以实现功能注释,非编码RNA识别和替代拼接分析,提供全面的转录组洞察力.
科学领域:
- 基因组学和生物信息学
- 分子生物学分子生物学
- 发展生物学 发展生物学
背景情况:
- RNA测序 (RNA-seq) 是一个强大的转录组分析工具.
- 在非模型生物中分析RNA-seq数据是具有挑战性的,因为缺乏功能性注释.
- 现有的工具通常需要多个平台,复杂化分析.
研究的目的:
- 为非模型生物开发一个全面的,一站式的RNA测序分析管道.
- 为了实现功能注释,非编码RNA识别和替代拼接分析.
- 为研究人员提供一个用户友好的解决方案,使用Illumina平台的RNA-seq数据工作.
主要方法:
- 开发PipeOne-NM,一个集成的RNA-seq分析管道.
- 应用PipeOne-NM到237个RNA-seq从*Schmidtea mediterranea*进行运行.
- 分析包括转录组组装,基因/非编码RNA识别和协同表达分析.
主要成果:
- 组装了一个转录基因组,由49,320个基因中的84,827个序列组成.
- 确定了64,582种mRNA,20,217种长非编码RNA (lncRNA) 和3,481种圆形RNA (circRNA).
- 发现了与mRNA共同表达的1,319个lncRNA,并确定了与性繁殖和神经冲动传导相关的差异性基因表达.
结论:
- PipeOne-NM提供了一个全面的平台,用于在非模型生物体中进行转录组分析.
- 该管道促进了各种RNA类型的功能注释和识别.
- 结果突显了PipeOne-NM在发现未被充分研究的物种中的生物学洞察力的实用性.
更多相关视频
06:34A Bioinformatics Pipeline to Accurately and Efficiently Analyze the MicroRNA Transcriptomes in Plants
Published on: January 21, 2020
8.4K
12:10An Experimental and Bioinformatics Protocol for RNA-seq Analyses of Photoperiodic Diapause in the Asian Tiger Mosquito, Aedes albopictus
Published on: November 30, 2014
13.4K
