通过下一代测序对无细胞DNA测量进行校准
Derek Hoerres1, Qunsheng Dai1,2, Sandra Elmore1,2
1Department of Pathology and Laboratory Medicine, University of North Carolina at Chapel Hill, Chapel Hill, NC, US.
American journal of clinical pathology
|May 27, 2023
概括
我们开发了一种新的方法来校准下一代测序 (NGS) 试验,使用尖端正常化器. 这提高了来自血DNA的疾病标志物量化的准确性,这对于监测疾病负担至关重要.
科学领域:
- 分子生物学分子生物学
- 基因组学就是基因组学.
- 生物技术是生物技术.
背景情况:
- 准确的疾病标志物量化对于监测疾病负担至关重要.
- 下一代测序 (NGS) 提供了一个有前途的非侵入性方法,但在误导性单位中经常报告了无血细胞DNA水平.
- 非疾病相关的因素可能会混NGS测量,阻碍标准化.
研究的目的:
- 提出和验证一种新的策略,用于校准NGS测试使用尖端正常化器.
- 提高通过NGS测量分析剂度的精度,标准化和协调.
- 为了能够精确量化血中的疾病标志物,以便有效监测疾病.
主要方法:
- 改进了一种NGS协议,通过调整测试效率,使用尖端合成正常化器DNA来计算绝对分析剂度.
- 与滴滴数字聚合酶链反应 (ddPCR) 试验对比的校准NGS值.
- 使用爱斯坦-巴尔病毒 (EBV) 基因组作为患者和模拟等离子体的模型目标,报告EBV负载每毫升副本.
主要成果:
- 在EBV检测方面,NGS对ddPCR表现出同等的敏感性.
- 与原始读取度 (R2=0.91) 相比,规范化的NGS值显示出更好的线性 (R2=0.95).
- 校准使NGS能够达到与ddPCR试验相当的度 (拷贝/毫升).
结论:
- 对NGS测定进行校准的新策略提高了精度和标准化.
- 这种方法有可能克服影响传统NGS量化的生物和分析前变量.
- 可以开发一个通用参考材料来协调基于NGS的疾病负担量化.
