单细胞RNA-Seq和大量RNA-Seq揭示了CRC可靠的诊断和预后生物标志物
Xing Zhang1, Longkun Yang1, Ying Deng1
1Department of Epidemiology, The School of Public Health, Fujian Medical University, Fuzhou, 350122, Fujian, People's Republic of China.
Journal of cancer research and clinical oncology
|May 29, 2023
概括
这项研究通过整合单细胞和大量RNA测序数据来确定结直肠癌 (CRC) 诊断和预后的新生物标志物. 与现有方法相比,开发的风险评分显示出更高的性能,有助于CRC管理.
科学领域:
- 在瘤学瘤学.
- 基因组学就是基因组学.
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 大肠直肠癌 (CRC) 的发展涉及腺瘤-癌瘤序列,但表皮特异性基因的作用尚不清楚.
- 确定可靠的生物标志物用于CRC诊断和预后对于有效的患者管理至关重要.
研究的目的:
- 整合单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 和大量RNA测序数据以识别表皮特异性基因.
- 通过腺瘤癌序列来选择结直肠癌 (CRC) 的诊断和预后生物标志物.
主要方法:
- 利用scRNA-seq来表征正常粘膜,腺瘤和CRC的细胞格局,专注于表皮特异性集群.
- 在腺瘤-癌瘤序列的上皮层特异性中识别了差异表达基因 (DEG).
- 使用大量RNA-seq数据,从腺瘤和CRC表皮特异性群之间的共享DEG中选择的诊断和预后生物标志物.
主要成果:
- 确定了1063个共享DEGs,导致38个基因表达和3个甲基化生物标志物在血中具有诊断潜力.
- 开发了使用10个预后共享DEG的风险评分,与外部验证中的阶段, pyroptosis相关基因 (PRG) 和 cuproptosis相关基因 (CRG) 评分相比,显示出优异的1年和5年AUC.
- 风险评分显示,与CRC中的免疫透有很强的关联.
结论:
- 对scRNA-seq和大量RNA-seq数据的综合分析为CRC诊断和预后提供了可靠的生物标志物.
- 新型风险评分为患者的结果提供了更好的预测能力.
- 这些发现有助于在结直肠癌治疗中推进个性化医疗方法.
