开发和验证敏感的BCR::ABL1融合基因量化,使用下一代测序

科学领域:

• 分子生物学分子生物学
• 基因组学就是基因组学.
• 血液学 血液学 血液学

背景情况:

• BCR::ABL1融合对于慢性髓性白血病 (CML) 的预后和监测至关重要.
• 目前的实时定量聚合酶连锁反应 (RQ-PCR) 方法对BCR::ABL1量化有局限性.
• 下一代测序 (NGS) 为精确的分子测试提供了一个潜在的替代方案.

研究的目的:

• 设计和验证一种基于NGS的测定方法,用于量化BCR::ABL1和ABL1转录副本数.
• 在CML监测中克服与传统RQ-PCR相关的局限性.
• 建立一种敏感且可靠的方法来跟踪BCR::ABL1水平.

主要方法:

• 开发并验证了使用Illumina Nextseq 550Dx的下一代定量测序 (NQ-seq) 试验.
• 采用内部生物信息管道进行深度测序分析.
• 验证了分析性能 (精度,线性,检测极限),并与使用145个临床样本的RQ-PCR进行了比较.

主要成果:

• NQ-seq显示了MR 5.6 (BCR::ABL1 0.00028% IS) 的检测极限.
• 测试显示出极好的精度和从MR 2.0到5.0的线性范围.
• 国际尺度 (IS) 值的NQ-seq结果与传统的RQ-PCR高度相关.

结论:

• NQ-seq是一种高度敏感和可靠的工具,用于监测CML患者的BCR::ABL1转录.
• 基于NGS的测定为分子疾病监测提供了有效的替代方案.
• 需要对大型患者队列进行进一步的前性研究,以确认这种NGS策略的临床影响.