在哺乳动物丸部分的mRNA空间检测的单分子光现场混合
Victoria D Diaz1, Brian P Hermann2
1Department of Neuroscience, Developmental and Regenerative Biology, The University of Texas at San Antonio, San Antonio, TX, USA.
Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
|May 30, 2023
概括
单分子FISH (smFISH) 和免疫光 (IIF) 现在可以同时可视化小鼠丸中的mRNA和蛋白质. 这种结合方法通过在组织环境中映射基因表达来验证单细胞RNA测序数据.
科学领域:
- 分子生物学分子生物学
- 遗传学 遗传学是一种遗传学.
- 细胞生物学 细胞生物学
背景情况:
- 单分子光在位杂交 (smFISH) 对于检测组织中的单个mRNA至关重要,为基因表达分析保留空间上下文.
- 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 越来越多地用于研究细胞异质性,需要验证工具来将基因表达模式映射回组织.
- 基于抗体的方法,如间接免疫光 (IIF) 是常见的验证策略,但smFISH提供了优越的特异性和与scRNA-seq.
研究的目的:
- 提出一个详细的协议,将多重化smFISH (RNAscope) 与IIF结合起来.
- 为了使鼠标丸部分内的mRNA和蛋白质共同可视化.
- 为在冷部分绘制多达四个mRNA/蛋白质点的步骤指南.
主要方法:
- 使用RNAscope平台进行多重复合smFISH.
- 间接免疫光 (IIF) 用于蛋白质检测.
- 在冷的小鼠丸部分中对mRNA和蛋白质点的共同可视化.
主要成果:
- 这里介绍了 smFISH 和 IIF 结合的详细协议.
- 该方法允许同时检测和空间映射多个mRNA和蛋白质点.
- 在小鼠丸组织中成功可视化mRNA和蛋白质表达模式.
结论:
- 结合smFISH-RNAscope和IIF协议,是验证scRNA-seq数据的有效方法.
- 这种方法增强了在小鼠丸的空间背景下对基因和蛋白质表达的理解.
- 该协议促进了多个mRNA/蛋白质标的映射,推进了空间转录组学和蛋白质组学研究.
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