描述精子干细胞的表观遗传风景-第1部分:表观遗传学试验
Keren Cheng1,2, John R McCarrey3
1Department of Neuroscience, Developmental and Regenerative Biology, University of Texas at San Antonio, San Antonio, TX, USA.
Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
|May 30, 2023
概括
这项研究详细介绍了四种表观遗传学方法:全基因组二硫酸盐测序 (WGBS),ChIP-seq,ATAC-seq和Hi-C-seq. 整合这些提供了对细胞命运和功能的表观遗传编程的全面评估.
科学领域:
- 分子生物学分子生物学
- 基因组学就是基因组学.
- 表观遗传学 在表观遗传学中,表观遗传学是指表观遗传学.
背景情况:
- 表观遗传编程决定了细胞的命运和功能.
- 综合分析需要整合多种表观基因组数据类型.
研究的目的:
- 为四种关键的表观遗传学方法提供协议.
- 为整合这些表观遗传学数据提出一种计算方法.
主要方法:
- 全基因组双硫酸盐测序 (WGBS) 用于DNA甲基化.
- 染色体免疫沉降测序 (ChIP-seq) 测定基因组修饰和转录因子.
- 测定转化酶可访问的染色体序列 (ATAC-seq) 染色体可访问性的测试.
- 高通量染色体构造捕获-测序 (Hi-C-seq) 用于3D基因组相互作用.
- 染色体状态发现和表征 (ChromHMM) 用于数据集成.
主要成果:
- 为WGBS,ChIP-seq,ATAC-seq和Hi-C-seq提供了详细的协议.
- 介绍了一种用于整合这四种方法数据的计算方法.
- 综合方法可以全面评估表观遗传编程.
结论:
- 提出的表观基因组方法和整合策略提供了一个强大的工具包.
- 这种方法允许全面理解表观遗传编程.
- 能够更深入地了解细胞命运和功能决定.
