概述精子干细胞的表观遗传景观:第2部分表观遗传学数据的计算分析
Keren Cheng1,2, John R McCarrey3
1International Institutes of Medicine, The Fourth Affiliated Hospital, Zhejiang University School of Medicine, Yiwu, China.
Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
|May 30, 2023
概括
计算管道分析来自DNA深度测序的大型表观基因组数据集. 这些方法,包括全基因组二硫酸盐测序 (WGBS) 和ChIP-seq,全面评估细胞功能的表观遗传编程.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 表观遗传学 在表观遗传学中,表观遗传学是指表观遗传学.
- 计算生物学 计算生物学
背景情况:
- 全基因组概况生成大量数据集,对于理解细胞命运和功能至关重要.
- 计算分析对于解释复杂的表观基因组数据至关重要.
研究的目的:
- 描述用于分析大量表观遗传学分析数据的计算管道.
- 整合不同的表观遗传数据集,以全面评估表观遗传编程.
主要方法:
- 针对DNA甲基化模式的全基因组双硫酸盐测序 (WGBS).
- 染色体免疫沉降测序 (ChIP-seq) 测定基因组修饰和转录因子.
- 检测转化酶可访问的染色质序列 (ATAC-seq) 染色质可访问性的测试.
- 高通量染色体构造捕获-测序 (Hi-C-seq) 用于3D基因组相互作用.
- 染色体状态发现和表征 (ChromHMM) 用于与RNA-seq.数据集成.
主要成果:
- 为单个表观基因组数据类型开发计算管道.
- 整合多个表观基因组数据集 (WGBS,ChIP-seq,ATAC-seq,Hi-C-seq) 和基因表达数据 (RNA-seq) 的方法.
结论:
- 描述的管道允许对表观基因组数据进行全面分析.
- 多种数据类型的整合提供了对影响基因表达和细胞功能的表观遗传编程的整体观点.
