通过比较分子和计算方法来检测AAV基因疗法的病毒整合,构建了AAV基因疗法的结构
Elias M Oziolor1, Steven W Kumpf2, Jessie Qian2
1Global Computational Safety Sciences, Pfizer Inc., Groton, CT 06340, USA.
Molecular therapy. Methods & clinical development
|May 30, 2023
概括
研究人员比较了在临床前基因治疗研究中检测腺相关病毒 (AAV) DNA 集成的三种方法. 针对性丰富测序 (TES) 已被证明是评估AAV整合风险的最具成本效益和最全面的方法.
科学领域:
- 分子生物学分子生物学
- 基因治疗 基因治疗
- 基因组学就是基因组学.
背景情况:
- 重组腺相关病毒 (AAV) 载体在基因疗法中被广泛使用,大多数治疗性DNA仍然是插曲性的.
- 然而,由于潜在的致癌转化,AAV DNA 集成到宿主基因组是令人担忧的,需要监管审查.
- 了解AAV集成的频率和位置对于临床前安全评估至关重要.
研究的目的:
- 为了比较三个下一代测序 (NGS) 方法用于检测AAV集成事件的有效性.
- 在临床前模型中确定AAV集成分析的最具成本效益和最全面的方法.
- 为基因疗法开发中AAV集成的危险评估提供信息的分子策略.
主要方法:
- 分析了用AAV载体治疗的Cynomolgus和小鼠的组织.
- 采用了三种NGS方法:剪切延伸原料标签选择结合介导PCR (SET-LMP),向丰富测序 (TES) 和全基因组测序 (WGS).
- 对每个方法的整合特异性,范围和频率进行了评估.
主要成果:
- 这三种测序方法均成功检测出剂量依赖的AAV DNA插入.
- 集成发生在有限数量的基因组热点,导致扩展克隆.
- 与SET-LMP和WGS相比,有针对性的缩测序 (TES) 显示出更高的成本效益和全面性.
结论:
- 下一代测序方法可以在临床前模型中有效检测AAV集成事件.
- 建议针对性丰富测序 (TES) 作为综合性和成本效益高的AAV集成分析的首选方法.
- 这些发现支持对基于AAV的基因疗法进行强有力的危险评估.
