在液体活检中应用注释无关的RNA测序数据分析工具,用于生物标记物的发现
Gabriel Wajnberg1, Eric P Allain1,2,3,4, Jeremy W Roy1,4
1Atlantic Cancer Research Institute, Moncton, NB, Canada.
Frontiers in bioinformatics
|May 30, 2023
概括
这项研究引入了新的生物信息学工具,用于分析细胞外囊泡 (EV) 中的RNA. 这些无注释的方法识别无注释的RNA,揭示了潜在的新生物标志物,如肌缩性侧面硬化症 (ALS) 等疾病.
科学领域:
- 细胞外囊泡 (EV) 研究研究
- 生物信息学和计算生物学
- 分析RNA序列的分析.
背景情况:
- 细胞外囊泡 (EVs) 含有具有诊断和预后潜力的RNA.
- 目前的EV RNA分析通常依赖于第三方注释.
- 在EV中未注释的表达RNA正在为新生物标志物发现获得兴趣.
研究的目的:
- 为了比较EV RNA测序分析的无注释和经典读取总结工具.
- 调查未注释的表达RNA作为潜在生物标记物的实用性.
- 在EV转录组分析中评估"找到-然后-注释"方法的性能.
主要方法:
- 对无注释和经典生物信息学工具的比较分析.
- 来自肌缩侧面硬化症 (ALS) 患者和健康捐赠者的EVs的RNA测序.
- 不同表达分析和数字滴滴PCR验证未注释RNAs.
主要成果:
- 没有注释的方法对已知RNA特征的标准工具的性能相当.
- 这些方法成功地在EV中识别了未注释的表达RNA.
- 在ALS患者样本中,两种新型未注释RNA被验证为过度表达.
结论:
- 没有注释的工具对于独立或集成的EV RNA分析是有价值的.
- 没有注释的表达RNA可以作为补充生物标志物.
- 这些方法增强了转录组分析和EV中的生物标志物发现.


