用于肉瘤组织的解离协议偏向于在单细胞和单核RNA测序中观察到的转录组

科学领域:

• 基因组学就是基因组学.
• 分子生物学分子生物学
• 在瘤学瘤学.

背景情况:

• 单细胞RNA测序 (sc/snRNA-seq) 对于理解复杂的组织和细胞类型至关重要.
• 以前的研究表明,解离方法可以在上皮组织中偏向基因表达.
• 瘤,中介细胞起源的瘤,需要对类似的技术工件进行调查.

研究的目的:

• 评估肉瘤患者衍生瘤扩散物 (PDXs) 是否受到sc/snRNA-seq解离器件的影响.
• 为了评估单核RNA-seq对瘤分类的档案冷标本的实用性.
• 识别瘤亚型的基因表达特征,如骨髓瘤 (OS),尤宁瘤 (ES) 和脱塑性小圆细胞瘤 (DSRCT).

主要方法:

• 在ES,DSRCT和OS PDX中对解离方法的系统评估.
• 使用sc/snRNA-seq. 的125,831个细胞和细胞核的基因表达的比较.
• 使用单核RNA-seq. 分析档案冷标本的分析.

主要成果:

• 在单细胞样本中检测到热解离器件,在单核样本中检测到基因长度偏差.
• 证实了无论分离方法如何,都可以观察到经典的肉瘤基因签名.
• 证明在基因表达中因解离引起的偏差可以通过计算纠正.

结论:

• 分离方法在肉瘤PDXs中引入转录偏差 (热分离,基因长度).
• 这项研究是第一个描述解离方法对肉瘤PDXs中sc/snRNA-seq数据解释的影响的研究.
• 计算纠正可以减轻偏差,使得罕见的肉瘤的精确分子分析成为可能.