长读序列测序可靠地调用Legionella pneumophila的mompS等位基在Legionella pneumophila序列基础的类型化
Anne Vatland Krøvel1,2, Marit A K Hetland1,3, Eva Bernhoff1,2
1Department of Medical Microbiology, Stavanger University Hospital, Stavanger, Norway.
Frontiers in cellular and infection microbiology
|May 31, 2023
概括
短读测序与准确的类型Legionella pneumophila斗争,由于mompS2基因的挑战. 长读序列为基于序列的准确类型 (SBT) 和疫情调查提供了可靠的解决方案.
科学领域:
- 微生物学 微生物学
- 基因组学就是基因组学.
- 流行病学 流行病学
背景情况:
- 基于序列的类型化 (SBT) 对莱吉欧内拉肺炎疫学至关重要.
- mompS2基因是L. pneumophila SBT中的一个关键位置.
- 不相同的mompS基因拷贝复杂SBT使用短读序列.
研究的目的:
- 调查从短读数据中确定mompS2等位基因的挑战.
- 评估短读组装器解决mompS区域的能力.
- 评估长读测序对L. pneumophila SBT的有用性.
主要方法:
- 对233个L. pneumophila基因组的分析.
- 各种短读组装器的比较.
- 牛津纳米孔技术 (ONT) 长读测序的应用.
- 使用Trycycler和Medaka进行组装和抛光.
- 开发了ONTmompS工具的开发.
主要成果:
- 短读组装器经常错误组装或未能类型的mompS2等位基因,特别是与非相同的基因副本.
- 没有一个简读方法能够一致地解决mompS区域.
- ONT长读测序准确确定了mompS等位基因,并实现了完整的SBT.
- 只有 ONT 的组件与混合组件一致.
结论:
- 长读序列,特别是ONT,克服了与短读数据相关的mompS输入挑战.
- ONT测序为L.pneumophila SBT提供了一个可靠的替代方案.
- 该ONTmompS工具促进从长读或混合组件的SBT.
