固定甲嵌入式工艺对唾液微生物群概况的影响
Hiroto Sano1, Takuichi Sato2, Yoriaki Kanri1
1The Nippon Dental University School of Life Dentistry at Niigata.
Biomedical research (Tokyo, Japan)
|May 31, 2023
概括
固定式甲嵌入式 (FFPE) 处理对口腔微生物群概况产生最小的影响. FFPE样本是用于研究口腔微生物群的新鲜样本的可行替代品.
科学领域:
- 微生物学 微生物学
- 基因组学就是基因组学.
- 分子生物学分子生物学
背景情况:
- 甲固定嵌 (FFPE) 样本中的细菌DNA越来越多地用于微生物群研究.
- FFPE的工艺包括将生物样品固定在甲中,并将其嵌入在中,以便长期保存.
- 评估FFPE过程对口腔微生物群的影响对于其在研究中的可靠应用至关重要.
研究的目的:
- 调查FFPE工艺对口腔微生物群分析的影响.
- 确定FFPE样本是否可以作为口腔微生物群分析新鲜唾液样本的合适替代品.
主要方法:
- 从9名受试者收集了新鲜的唾液样本.
- 唾液颗粒被加工成FFPE样本.
- 在新鲜和FFPE样本中分析了16S rRNA基因高变区 (V1-9,V1-2,V3-4).
- 进行了微生物群分析,以比较样本类型之间的多样性和组成.
主要成果:
- FFPE过程导致了16S rRNA基因的一些碎片化.
- 在FFPE样本中,V1-2超变区显示出比V1-9和V3-4区域更好的保存.
- 在新鲜和FFPE口腔微生物群之间的α和β多样性中没有发现显著差异.
- 新鲜和FFPE样本之间的微生物群概况是可比的.
结论:
- 像V1-2这样的短16SrRNA基因区域是FFPE样本中口腔微生物群分析的合适目标.
- FFPE样本是口腔微生物群研究的宝贵和可靠的生物资源.
- FFPE方法为保存和分析口腔微生物群落提供了一个可行的替代方案.
