Cellenium-一个可扩展和交互的视觉分析应用程序,用于探索多式联网单细胞数据
Carsten Jahn1, Mahmoud Ibrahim2, Jannis Busch1
1Scientific Solutions, Bayer AG, Berlin 13353, Germany.
Bioinformatics (Oxford, England)
|June 1, 2023
概括
Cellenium是一个新的网络应用程序,用于分析多式单细胞测序数据. 它允许研究人员以交互方式集成,组织和分析RNA,ATAC和CITE-seq研究.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 生物信息学是一种生物信息学.
- 计算生物学 计算生物学
背景情况:
- 多模式单细胞测序 (scRNA,scATAC,scCITE) 产生了丰富的分子生物学数据.
- 分析这些复杂的数据集需要先进的交互式解决方案来产生洞察力.
研究的目的:
- 为了介绍Cellenium,一个可扩展的视觉分析Web应用程序.
- 为了实现多种单细胞测序研究的语义整合和组织.
- 为了促进在研究中和跨研究中对单细胞数据的交互分析.
主要方法:
- 开发了一个网络应用程序,集成单细胞RNA,ATAC和CITE测序数据.
- 实现了用于数据探索和单元格注释的交互功能.
- 在开发中使用了PostgreSQL,Python 3,GraphQL,ReactJS,TypeScript和Plotly.js.
主要成果:
- 塞尔允许用户在语义上整合和组织多个单细胞测序研究.
- 该应用程序支持在研究内部和跨研究数据的交互分析.
- 用户可以添加自定义单元格类型的注释.
结论:
- 塞尔提供了一个强大的平台,用于对多式联络单细胞数据进行全面分析.
- 该工具增强了从复杂的测序实验中获得生物见解的能力.
- 自由可用的源代码和文档促进了可访问性和协作.
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