通过使用RT-PCR测试在低资源环境中追踪SARS-CoV-2变种的流行浪潮
Asghar Nasir1, Uzma Bashir Aamir2, Akbar Kanji1
1Department of Pathology and Laboratory Medicine, Aga Khan University, Karachi, Pakistan.
PLOS global public health
|June 1, 2023
概括
一种快速,低成本的RT-PCR试验有效地确定了巴基斯坦的SARS-CoV-2关注变种 (VOC). 这种方法追踪了阿尔法,三角形和Omicron波,提供了一个重要的公共卫生工具.
科学领域:
- 病毒学 病毒学
- 流行病学 流行病学
- 分子诊断学 分子诊断学
背景情况:
- 由SARS-CoV-2引起的COVID-19大流行导致了全球显著的发病率和死亡率.
- SARS-CoV-2 的快速演变导致了具有增加传染性的关注变种 (VOC).
- 低中等收入国家 (LMIC) 存在基因组监测差距,阻碍了有效的公共卫生反应.
研究的目的:
- 为了证明一种基于RT-PCR的特定突变方法,用于在巴基斯坦识别SARS-CoV-2 VOC.
- 在大流行浪潮期间跟踪不同VOC的流行情况.
- 评估RT-PCR测定作为下一代测序 (NGS) 的快速,低成本补充剂的实用性.
主要方法:
- 从2021年4月到2022年2月,选择2150个SARS-CoV-2 PCR阳性呼吸器样本.
- 利用商业上可用的RT-PCR试验,针对关键的尖端蛋白突变 (N501Y,A570D,E484K,K417N,L452R,P681R,删除69_70).
- 根据特定的突变档案识别了Alpha,Beta,Gamma,Delta和Omicron变种.
主要成果:
- 在81.7%的查样本中发现了VOC,主要是Delta (37.2%),Alpha (29.8%) 和Omicron (17.1%).
- 观察到不同的流行病浪潮:阿尔法 (2021年4月至5月),三角洲 (2021年7月至11月) 和奥米克朗 (2021年12月至2022年2月).
- 与Omicron相比,Alpha,Beta,Gamma和Delta变体的CT值显著更高 (p<0.0001).与Omicron相比,Alpha,Beta,Gamma和Delta变体的CT值明显更高.
结论:
- 尖端突变特定的RT-PCR测定有效地在巴基斯坦的流行病浪潮中识别了VOC.
- 这种RT-PCR方法是快速的,低成本的和可适应的,作为NGS在公共卫生中的一个有价值的补充.
- 将VOC识别与CT值联系起来,可以了解病毒载量,传播和潜在的疾病严重程度.
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