在乳腺癌中用于内微生物组分析的甲固定嵌组织的潜在值
Jing Chang1,2, Xiang Li1,3, Qingxin Xia4
1School of Life Sciences, Northwestern Polytechnical University, 127th Youyi Rd., Xi'an 710072, Shaanxi, China.
Heliyon
|June 2, 2023
概括
在乳腺癌微生物组研究中,固定甲嵌入式 (FFPE) 组织非常有价值. FFPE样本与微生物分析的新鲜冷 (FF) 样本显示出显著的一致性.
科学领域:
- 微生物学 微生物学
- 在瘤学瘤学.
- 基因组学就是基因组学.
背景情况:
- 乳腺癌 (BC) 组织可以容纳可能参与瘤发生的微生物.
- 在临床BC研究中,形式氨固定嵌 (FFPE) 组织被广泛使用.
- 对于微生物分析的FFPE组织的实用性需要验证.
研究的目的:
- 评估使用FFPE组织用于乳腺癌中内微生物组分析的可行性.
- 为了比较FFPE和新鲜冷 (FF) 乳腺癌样本中的微生物群落.
主要方法:
- 使用16S rRNA测序来分析微生物群落.
- 分析了来自30名乳腺癌患者的FFPE和FF瘤样本.
- 在保存方法之间比较了操作分类单位 (OTU) 和细菌多样性.
主要成果:
- 78.55%的OTU在FPE和FF样本之间是一致的.
- 核心细菌组成和α多样性没有显著差异 (不包括未分类的细菌).
- 主要类 (Firmicutes, Bacteroidota, Proteobacteria, Actinobacteriota) 和特定的类/序列 (Gammaproteobacteria, Burkholderiales, Pseudomonadales) 保持了类似的比例.
结论:
- FFPE组织显示出在乳腺癌中进行内微生物组分析的巨大潜力.
- 尽管瘤异质和未分类的细菌,FFPE样本提供可靠的微生物学见解.
- 这些发现支持使用FFPE档案用于乳腺癌研究中的回顾性微生物组研究.
