为FFPE组织蛋白质学提供高通量工作流程
Ganesh P Pujari1, Kiran K Mangalaparthi1, Benjamin J Madden2
1Department of Laboratory Medicine and Pathology, Mayo Clinic, Rochester, Minnesota 55905, United States.
概括
适应聚焦声学 (AFA) 技术简化和加速样本处理,用于激光捕获微解剖 (LCM) FFPE组织的高通量蛋白质组分析. 这种自动化工作流减少了处理时间,并改善了用于临床和研究应用的蛋白质和的识别.
科学领域:
- 蛋白质组学是指蛋白质组学.
- 生物技术是生物技术.
- 分析化学 分析化学
背景情况:
- 激光捕获微解剖 (LCM) 对于定甲嵌入 (FFPE) 组织的向蛋白质组分析至关重要.
- 低蛋白质产量和繁重的加工阻碍了LCM样本的蛋白质组分析.
- 需要自动化,以高效的高通量FPE基于蛋白质组学.
研究的目的:
- 用适应焦点声学 (AFA) 来为FFPE组织样本处理提供简化,快速的工作流.
- 为了评估AFA辅助的提取和消化,用于高通量蛋白质组分析.
- 评估AFA对蛋白质和的回收和质量的影响.
主要方法:
- 评估了三个工作流程:标准提取/一夜间消化,AFA辅助提取/一夜间消化,以及AFA辅助提取/同时消化.
- 采用基于AFA的超声波用于96井和384井格式的自动样本处理.
- 进行LC-MS/MS分析,在工作流程中比较蛋白质和的识别.
主要成果:
- 基于 AFA 的工作流程实现了 LCM-FFPE 组织的自动化,高吞吐量处理.
- 加速的素消化与AFA显著减少了整体处理时间.
- AFA加速工作流程显示了略高的蛋白质和的识别,而不会影响质量.
结论:
- 基于 AFA 的工作流提供了快速,高通量样本处理LCM-FFPE组织.
- 这种方法显著减少了样品处理,并且可以自动化.
- 描述的工作流提高了临床和研究蛋白质组分析的效率.
