长期读取的基因组测序识别了先天性无血病病例中的神秘结构变异
Alejandra Damián1,2, Gonzalo Núñez-Moreno1,2,3, Claire Jubin4
1Department of Genetics & Genomics, Instituto de Investigación Sanitaria-Fundación Jiménez Díaz University Hospital, Universidad Autónoma de Madrid (IIS-FJD, UAM), 28040, Madrid, Spain.
Human genomics
|June 2, 2023
概括
长读测序确定了隐藏的结构变异,导致两名患者的先天性无血病. 这种方法对于诊断罕见的遗传疾病而言至关重要,因为短读序列错过了这些罕见遗传疾病.
科学领域:
- 遗传学 是一个遗传学.
- 基因组学就是基因组学.
- 分子生物学分子生物学
背景情况:
- 遗传性无血症主要是由PAX6脱素缺陷引起的.
- 影响PAX6或其调节区域的11p13微切除发生在25%的患者中.
- 复杂的重组很少被描述,使一些病例无法解释.
研究的目的:
- 通过基于纳米孔的全基因组测序,研究两个未解决的先天性无菌病例中的神秘结构变异 (SVs).
- 为了确定PAX6阴性先天性无血病患者的潜在遗传原因.
主要方法:
- 使用基于纳米孔的全基因组测序 (长读测序 - LRS).
- 针对性聚合酶连锁反应,测序和基于FISH的细胞遗传分析被用于验证.
- 对来自患者的样本进行了RNA表达分析.
主要成果:
- 在一个病人身上,LRS发现了 de novo 4.9 Mb的反转,破坏了 PAX6 内子 7.
- 在第二个患者中,LRS解决了t(6;11) 的平衡转位,其中11p13的断点影响了PAX6增强剂.
- 这两种已识别的SV都被证实是先天性无血病的致病原因,导致PAX6脱不充分.
结论:
- 长读序列是有效的检测复杂的结构变体错过了短读序列.
- 这项研究强调了LRS在诊断具有复杂基因组重组的罕见遗传疾病中的实用性.
- 这些发现强调了考虑SVs在先天性无血病的遗传基础中的重要性.
更多相关视频
08:22A Novel Strategy Combining Array-CGH, Whole-exome Sequencing and In Utero Electroporation in Rodents to Identify Causative Genes for Brain Malformations
Published on: December 1, 2017
8.7K
05:51A Strategy to Identify de Novo Mutations in Common Disorders such as Autism and Schizophrenia
Published on: June 15, 2011
25.9K
