在肌肉侵入性膀癌中优化共识分子亚型的识别:比较使用FFPE标本的两种测序方法和基因组
Florestan J Koll1,2,3, Claudia Döring4, Csilla Olah5
1Department of Urology, University Hospital Frankfurt, Goethe University, Theodor-Stern-Kai 7, 60590, Frankfurt Am Main, Germany. florestanjohannes.koll@kgu.de.
BMC cancer
|June 3, 2023
概括
从FFPE样本中确定肌肉侵入性膀癌 (MIBC) 的分子亚型是可行的,使用RNA测序. 减少的基因组可靠地对瘤进行分类,尽管富含瘤的亚型显示出变异性.
科学领域:
- 在瘤学瘤学.
- 基因组学就是基因组学.
- 分子生物学分子生物学
背景情况:
- 肌肉侵入性膀癌 (MIBC) 的分子亚型对于预后和预测标志物至关重要.
- 为了标准化临床应用,已经开发出MIBC分子亚型的共识分类.
- 验证亚型方法,特别是与甲固定嵌 (FFPE) 标本的验证是必不可少的.
研究的目的:
- 在FFPE样本上评估两种基因表达分析方法 (MACE和HTP),用于MIBC分子亚型化.
- 为了比较减少基因组 (ESSEN1和ESSEN2) 与完整基因组的疗效,用于分类MIBC亚型.
- 评估使用FFPE组织在MIBC中的共识分子亚型化的可行性和可靠性.
主要方法:
- 从15名MIBC患者的FFPE块中分离RNA.
- 使用大规模分析3'cDNA末端 (MACE) 和HTG转录组面板 (HTP) 的基因表达概况.
- 使用共识MIBC R包和减少基因组 (68基因ESSEN1,48基因ESSEN2) 的共识和TCGA亚型的归类,使用规范化,日志转换的数据.
主要成果:
- 在14/15个FFPE样本上使用MACE或HTP数据进行了分子亚型化.
- 分类包括基底/状 (Ba/Sq),光增殖性 (LumP),光未分类 (LumU),光非特异性 (LumNS),丰富的层状和类似NE的亚型.
- 共识亚型显示MACE和HTP数据之间有71%的一致性;减少的基因组与完整的基因组相重叠86-100%.
结论:
- 从FFPE样本中确定MIBC的分子亚型是可行的,使用MACE和HTPRNA测序方法.
- 富含斯特罗马的亚型表现出不一致的分类,这可能是由于样本异质性和散装RNA分析的局限性.
- 即使在基因组减少的情况下,也可以实现可靠的MIBC亚型,这表明了简化诊断方法的潜力.
