在proso小米的高产突变种中使用基因型测序进行分子表征和SNP识别
Neethu Francis1, Ravikesavan Rajasekaran2, Veera Ranjani Rajagopalan3
1Department of Genetics and Plant Breeding, Centre for Plant Breeding and Genetics, Tamil Nadu Agricultural University, Coimbatore, India.
Frontiers in plant science
|June 5, 2023
概括
普罗索小米突变物是为了提高产量而开发的. 测序在像E3无素蛋白联酶UPL7这样的基因中确定了功能性SNP,为这种抗气候作物提高产量提供了洞察力.
科学领域:
- 植物遗传学 植物遗传学
- 农作物改善的方法
- 功能性基因组学 功能性基因组学
背景情况:
- 普罗索小米 (Panicum miliaceum L.) 是一种适应气候变化的,营养丰富的C4作物,耐旱耐热.
- 尽管有优势,proso小米产量低于主要谷物,分子资源有限.
- 开发高产品种对于提高其在边缘土地上的种植至关重要.
研究的目的:
- 在proso millet中开发和描述对比的产量突变物.
- 为了生成与产量特征相关的功能基因组信息.
- 识别与高和低产量表型相关的遗传变异.
主要方法:
- 用马辐射创造了一个突变种群,并对产量变化进行了选.
- 基因型测序 (GBS) 在野生类型,高产量 (ATL_hy) 和低产量 (ATL_ly) 突变物上进行.
- 生物信息分析标注单核酸多态 (SNPs) 和插入删除 (InDels) 与proso小米参考基因组相比.
主要成果:
- 在野生类型和突变型中检测到总共25901至31488个SNP.
- 在高产和低产突变物中分别发现了84个和171个功能性SNP.
- 在ATL_hy和ATL_ly突变体中的功能性SNP与包括"E3无素蛋白联酶UPL7"和粉合成酶在内的基因有关,这些基因参与粉生物合成.
结论:
- 这项研究成功地生成和表征了proso小米中对比的产量突变.
- 已识别的功能性SNP为了解和改善proso小米产量提供了有价值的遗传信息.
- 这些发现可以帮助开发分子标记物,用于proso小米育种计划中的标记器辅助选择.
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